2020-03-26 05:26:01
科学家寻求为微生物群落研究建立社区驱动的元数据标准

加利福尼亚州立大学蒙特利湾分校的植物病理学助理教授JP Dundore-Arias说:“我们正生活在微生物组数据的爆炸式增长中。” “在农业系统中,对植物和土壤微生物组学的研究激增,同时人们对微生物组数据可能具有开发新颖,可持续和有效的作物管理策略的潜力感到兴奋。”

尽管这是一个令人振奋的发展,但是随着用于多种作物的微生物组数据的集合不断增长,记录数据缺乏一致性使得在研究项目中难以利用这些数据。在最近发表在《植物生物学报》上的文章中,Dundore-Arias和他所在领域的其他人讨论了针对微生物组研究的农业特定元数据标准的必要性。

“元数据被称为'关于其他数据的数据',换句话说,就是数据或样本的内容,位置,时间和方式。这可以包括例如作物,样本位置,采样时间,作物管理因素,DNA提取方法以及许多其他因素。” Dundore-Arias解释说。 “就微生物组样本需要报告的内容达成共识,对于推进我们的研究领域至关重要。”

一致的元数据使研究人员可以确定是否可以将其他研究的数据集成到自己的研究中进行分析。标准的记录和共享实践还将为建立理解并增加植物健康社区中微生物组数据的长期价值提供严格的基础。

通过由国家科学基金会资助的农业微生物组学研究协调网络,Dundore-Arias,Emiley Eloe-Fadrosh(LBNL,DOE-JGI),Lynn Schriml(马里兰大学医学院)和Linda Kinkel(明尼苏达大学)赞助的研讨会)开始了让研究社区参与开放过程的过程,以就农业微生物群系元数据标准达成共识。

他们提出了所需和期望的元数据标准的清单,以激发讨论并使社区朝着农业微生物组研究中元数据,采样,处理和分析管道的标准化报告方向发展。在收集反馈后,根据Dundore-Arias的说法,下一步是“与基因组标准协会(GSC)的成员一起开发MIxS-Ag元数据标准和本体,并将其合并到GSC MIxS集合中并发布。其他常用的数据管理平台和存储库。”

在制定此提议的元数据标准类别列表的过程中,以及在下一步中,开发用于描述农业微生物组研究(MIxS-Ag)的官方元数据标准清单,Dundore-Arias及其同事已经并将继续寻求反馈和认可。来自代表不同公共和私营部门的农业微生物组研究人员。可以在本文底部的评论中找到反馈。

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