2019-10-11 18:13:01
微生物组的可靠时钟

尽管人类微生物组在过去几年中受到了人们的广泛关注,但此类研究的一个方面很少成为头条新闻:难以观察其随各种刺激而随时间变化的情况。最常见的分析方法是从粪便样本中提取细菌,然后对它们的基因组进行测序,但是这种方法虽然具有微创性,但会丢失有关肠道中细菌发生的位置和时间的关键信息,从而为科学家提供了关于肠道动态的不完整图片。微生物组。

现在,由哈佛大学怀斯生物启发工程研究所和哈佛医学院(HMS)的研究人员创建的一种新工具以一组细菌基因的形式提供了解决此问题的方法,这些细菌基因被设计用于检测和记录变化随着时间的流逝,活细胞小鼠肠道中不同细菌群的生长会随着时间的增长而变化,并且可以作为基于合成生物学的复杂诊断和治疗方法的平台,用于肠道中的各种应用。该研究发表在《自然通讯》上。

保持时间

该系统使用振荡基因电路,称为再加压器,作为一种测量细菌生长的遗传钟。该再调控因子由三个细菌基因组成,这些细菌基因编码三种蛋白质(tetR,cl和lacI),每种蛋白质均阻断其他一种蛋白质的表达。这些基因被链接到一个负反馈回路中,因此当一种阻遏蛋白的浓度降低到一定水平以下时,其被阻遏的蛋白就会表达出来,从而阻止了第三种蛋白的表达,并且重复该过程。一种周期性的方式。

当将所有三个基因都插入质粒并引入细菌后,完成的负反馈循环次数可以作为细菌经历了多少次细胞分裂的记录。每当细菌分裂时,存在于细胞质中的任何阻遏蛋白都会被稀释,因此它们的浓度会逐渐下降并触发阻遏蛋白循环中下一个蛋白的表达。至关重要的是,无论细菌生长有多快或多慢,在15.5个细菌世代之后,重复加压循环都会重复。这使其可以像时钟或手表一样用作客观的时间度量。

“想像一下,如果您有两个人戴着两个不同的手表,而一个人的手表上的第二只手的运动速度是另一个人的两倍,”第一作者戴维·里格拉尔博士解释说。 HMS现在担任伦敦帝国学院的亨利·戴尔·费尔爵士的研究小组的负责人。 “如果您在两小时后停下两只手表,它们将无法确定现在的时间,因为它们的时间量度会根据秒针的移动速度而变化。相反,我们的稳压器就像一只手表,总是在相同的速度,因此无论有多少人穿着同一衣服,他们都将提供一致的时间测量。这种质量使我们能够更精确地研究肠道中细菌的行为。”

研究人员将这三种阻抑蛋白中的每一种与不同颜色的荧光分子偶联,并开发了一种称为RINGS(单细胞水平基于阻抑剂的生长推断)的成像工作流程,以追踪细菌生长过程中不同时间点表达的蛋白。赖格拉尔说:“随着细菌菌落的向外生长,阻遏物回路产生了这些不同的荧光,树环状特征,基于这些阻遏蛋白在起始菌落的单一细菌中具有活性。” “荧光环的模式记录了自生长开始以来发生了多少次再加压循环,我们可以分析该模式以研究不同细菌之间和不同环境下的生长速率如何变化。”

利用RINGS,该团队能够成功追踪体外培养的几种不同细菌物种的细胞分裂,并观察到当细菌在小鼠肠道提取的样品上生长(模拟复杂的微环境)时,细菌的再加压周期的长度保持一致。或暴露于抗生素中(以模拟压力条件和不一致的生长方式)。

追踪变化

为了评估增效剂在体内的性能,研究小组向小鼠口服了含有增效剂回路的大肠杆菌,然后分析了从粪便样品中提取的细菌。引入后,该稳压器保持活跃状态长达16天,这表明在活体哺乳动物中,肠道细菌中可以维持长期的振荡基因表达。 RINGS分析成功地检测出细菌生长模式的变化,并且通过给小鼠提供一种在其饮用水中停止给定阶段的复活周期的化合物,可以“同步化”其复活回路处于不同阶段的细菌。

最后,研究人员测试了调节器检测肠道炎症引起的细菌生长速率差异的能力。给小鼠一种诱导炎症的化合物,然后给其加载加压素的细菌。 15小时后,RINGS分析显示,与对照组小鼠相比,发炎小鼠的细菌具有更宽的相调节范围,这表明炎症会产生导致细菌生长不一致的环境,从而可能导致肠道微生物组失衡。 。

核心作者之一帕梅拉·西尔弗(Pamela Silver)博士说:“这种再呼吸器使我们能够真正探查活肠中细菌行为的复杂性,不仅在健康和患病状态下,而且在时空上都如此。” Wyss研究所的成员,HMS的Elliot T.和Onie H. Adams生物化学与系统生物学教授。 “事实上,我们可以在再呼吸器已经进入肠道时重新使其同步化,并且无需使用选择性抗生素就可以维持再呼吸器,这也意味着我们可以研究自然状态下的微生物组,并将其干扰降到最低。”

除了了解微生物组的动力学特性外,再加压剂还为人类肠道开发复杂的,基于合成生物学的诊断和治疗方法。潜在的应用包括创建一个系统,该系统被编程为在昼夜节律的某个点启动基因转录级联,或诊断记录在检测到给定生物标记后已经过去了多少时间的诊断程序。

“这项研究不仅解决了与监测肠道内微生物组生理动态变化有关的特定问题,而且它提供了一个平台,可以带来全新的诊断方法,甚至是时间依赖性疗法。” Wyss创始董事Donald Ingber博士说,他还是HMS和波士顿儿童医院血管生物学计划的Judah Folkman教授,以及哈佛大学约翰A.保尔森学院的生物工程学教授。工程与应用科学。

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