2019-09-11 06:13:01
数学模型可以帮助纠正测量细菌群落的偏见

数学模型可以帮助纠正测量细菌群落的偏见.jpg

来自北卡罗来纳州立大学的研究人员开发了一个数学模型,该模型显示了偏好在通过宏基因组测序测量细菌群落时如何扭曲结果。概念验证模型可能是开发校准方法的第一步,这些方法可以使宏基因组测量更准确。

宏基因组测序通过从样品中提取的DNA识别特定群落中存在的细菌的数量和类型 - 例如,在人肠道微生物组中。“我们正在测量细菌群落 - 存在的细菌群体以及每个群体中存在多少细菌,”人口健康和病理生物学助理教授Ben Callahan说道,该论文的相应作者描述了这项工作。 “然而,测量技术并不完美,这会在结果中引入偏差。这意味着我们无法准确了解我们正在尝试衡量的社区。”

根据Callahan的说法,由于宏基因组测序是一个多步骤过程,因此可以在每个步骤中引入偏差。

“最着名的步骤是DNA提取,我们打破细菌以获得DNA,”Callahan说。 “一些细菌的细胞比其他细菌更容易破裂。假设我有一种细菌构成了社区的一半,但没有很好地破坏。在我的测量中,我最终可能只有10%的这种细菌,这取代了实际存在的50%。这引入了偏见。现在我从那时起所做的每一次测量或计算都是系统性的偏差。“

来自华盛顿大学的北卡罗来纳州博士后研究员Michael McLaren和生物统计学家Amy Willis的Callahan测试了他们对两种类型的宏基因组测序 -  16S RNA基因和霰弹管宏基因组学 - 在已知成分的微生物群落中的偏倚模型,并发现该模型在这些情况下准确描述了偏见。

“这个实验表明,我们提出的模型至少在这些有限的情况下起作用,”卡拉汉说。 “长期目标是为复杂自然群落的宏基因组测量提供校准工具,就像我们用于校准测量技术(如秤,示波器和显微镜)的标准一样。这项工作是迈向这一目标的第一步。”

人类科学
一些霍乱弧菌菌株在营养贫乏的环境中从小的逗号形细胞转变为长丝。这种改变细胞形状的策略支持细菌群落的生长,并允许病原体在具有快速更新的生长表面的环境中竞争。
2019-08-09 23:39:01
人类科学
一项新的研究显示,进入泰晤士河的抗生素数量需要减少多达80%才能避免抗生素抗性“超级细菌”的发展和传播。来自生态和水文中心(CEH)的科学家模拟了抗生素处方对河流中抗生素耐药细菌发展的影响。研究发现,在泰晤士河流域四分之三的集水区,由于污水排放,存在的抗生素可能处于足以抵抗抗生素耐药细菌发展的水平。这项研究发生在英格兰首席医疗官Dame Sally Davies教授上周警告说,抗生素抗药性可能对人类构成比气候变化更直接的风险,并且可能在全球每年造成至少1000万人死亡。
2019-09-05 09:30:02
人类科学
在巴西东南部里约热内卢州和巴西南部圣卡塔琳娜州之间的南大西洋雨林遗迹中,有大约600种收获者(Opiliones),生活在洞穴和湿润森林中的蜘蛛。即使对于这个着名的生物多样性热点地区,物种数量也被认为很高,而且这些物种中的大多数都是地方性的。
2019-08-24 06:49:01
人类科学
根据宾夕法尼亚州立大学的一组研究人员的说法,渔民的好奇心导致了休闲淡水区微生物群落与季节性环境变化之间的相关性。Zachary Weagly,2018年毕业于宾夕法尼亚州立大学伯克斯分校,是一名狂热的渔民,他注意到他捕鱼的水质随着当地的环境而变化。他问生物学副教授兼他的老师之一Tami Mysilwiec,如果他可以使用她的一些实验室Biolog Ecoplates来测试水,那么在宾夕法尼亚州Blue Marsh流域开始的一个三地点,多年的项目来测试淡水。
2019-08-18 23:24:02
人类科学
对于机械工程和应用力学系助理教授Jordan Raney来说,尖端科学有时候会用锤子敲打橡胶圆盘。在最近的一次实验中,他和Raney建筑材料实验室的研究生Chengyang Mo使用3D打印机来制作这种不寻常的飞盘大小的结构。它由数百个连接的橡胶方块组成,每个方块内部都有一个滚珠轴承。它是“机械超材料”的一个例子,它是一类系统,表现出源于内部几何形状的不寻常的物理行为,而不是它们所制造材料的特性。
2019-09-10 23:34:01
人类科学
现在是1950年,一群科学家正在与落基山脉雄伟的背景下共进午餐。他们即将进行一场将成为科学传奇的对话。科学家们在洛杉矶阿拉莫斯牧场学校(Manhattan Alamos Ranch School),这是曼哈顿计划的所在地,该团队最近都参与了原子时代。
2019-08-12 07:46:01
人类科学
超过四百万英国人观看了Amber Gill和Greg O'Shea获得了Love Island 2019的胜利.Gill是英格兰北部纽卡斯尔的美容治疗师和模特,以及来自爱尔兰利默里克的橄榄球运动员O'Shea,被证明是巴利阿里岛马略卡岛上24位真人秀节目选手中最受欢迎的配对。
2019-08-04 23:46:01
人类科学
妇女面临歧视,在兽医专业的高级地区占据较少的地方,即使他们的人数开始超过野外男子。兰卡斯特大学管理学院和开放大学商学院在兽医记录中发表的研究表明,性别歧视仍然是客户的一个大问题,而管理者却未能认识或理解性别问题。
2019-09-08 05:46:01
人类科学
密歇根州立大学的Cheryl Kerfeld实验室创建了一个合成的纳米级工厂,基于细菌中的天然工厂。这项研究有朝一日可以带来新的医疗,工业或生物能源应用。天然纳米工厂遍布全球的细菌。有些人会营养。其他人会隔离有毒物质,否则会使细菌生病甚至死亡。
2019-08-18 07:08:02
人类科学
在谦卑的家蝇的蒸汽,通常是肮脏的世界,(家蝇(Musca domestica))在该物种的雄性中存在明显的分裂。虽然不是内战,但北方的男性和南方的男性之间确实存在差异。找出为什么这些差异出现在北方人和南方人的基因序列中,这对于理解性别决定至关重要,但有一个重要的悖论:遗传差异是微不足道的。
2019-09-06 05:42:02