2019-06-03 22:01:01
借助系统生物学解释叶子的形状

哪些因素决定了叶子的形状?通过使用不同的系统生物学方法,Barbara Terebieniec已经确定了控制欧洲白杨叶片形状的基因。 Barbara Terebieniec于3月14日在Umeå大学上发表了她的博士论文。

“我之所以选择撰写关于这一主题的论文,是因为我对种群的基础研究以及某些可见性状如何遗传感兴趣,叶子的形状是植物中最明显的特征之一。我们使用生物信息学的方法来包括在我们的分析中,所有遗传因素和它们之间的相互作用。使用这种系统生物学方法,我们试图查看决定叶子形状的整个网络,我们能够发现以前未知的因素,“Barbara Terebieniec说。

Barbara Terebieniec使用了几种不同的生物信息学方法来鉴定决定叶子形状的基因。她的结果表明,叶子形状是由许多不同基因的复杂网络决定的,并且这些基因中的每一个都贡献了叶子最终形状的一小部分。

她将许多白杨树的遗传组成与不同的叶子形状进行了比较,并确定了与叶子形状相关的基因。在下一步中,她表明这些基因中的许多基因也在叶片的早期发育中起作用。为此,她比较了在同一棵树上生长的不同年龄的叶子的基因组成。

“我整个夏天收集了芽,并将它们横切以进行显微镜研究。这样,我就可以跟踪从开始到显微镜下出现的叶子的发育。这非常令人着迷,”Barbara Terebieniec说。

使用另一种方法,Barbara Terebieniec成功优化了白杨芽的空间转录组学方法。这是一个与SciLifeLab的研究人员一起进行的子项目。使用这种技术,他们希望能够识别在芽内生长的叶子中表达的基因。尽管他们能够建立这种方法,但由于组织尺寸对于该技术来说太小,他们无法在空间上研究出哪些基因在幼叶发育期间是活跃的。

“两年前,我开办了自己的公司。我非常沮丧地试图将我的实验室样品保存在常规的-80°C冰柜中。我们的想法是开发FreezFiler-一个使用计算机视觉的数字系统。它可以放置在常规冷冻机顶部读取样品上的条形码,这简化了冷冻机的库存。我们现在即将注册一家公司并推出我们的第一个产品。这将是很多工作,但它也非常令人兴奋,并且我期待着新的挑战。“

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