2018-12-03 23:38:01
免费的公开的健康数据被证明是研究金矿

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这是一个很受欢迎的问题:你在夏天做了什么?对于Lubaba(Aurna)汗来说,2018年的夏天将是她永远不会忘记的。

它从高调开始,以更高的一个结束。 6月,汗走过舞台接受她作为卡尔加里大学健康科学学士毕业生的学位。她获得了O'Brien中心夏季学生奖,并与Pinaki Bose博士一起从事研究工作。然后,出乎意料的是,她做了一个可以帮助全世界癌症患者的发现。

汗在夏天蜷缩在计算机上,解释免费,可公开获取的健康和基因组学数据。 “生物信息学是医学科学的新前沿,”汗说。 “我作为一名生物医学专业的学生开始接受医学教育,通过显微镜观察细胞,但在计算机的帮助下观察癌症生物学开辟了一种思考研究的新方式。”

Khan正在比较癌细胞中发现的基因与正常细胞中发现的基因之间的差异。在Bose的指导下,Khan学会了如何构建问题和假设。这是一个坎坷的开始。

“我们想知道癌细胞中的免疫基因如何与免疫治疗反应联系起来。那里什么都没有,我们很失望,”Bose说,他是生物化学和分子生物学和肿瘤学系的兼职助理教授。 ,并且是卡明医学院的Arnie Charbonneau癌症研究所的成员。

“我们调整了焦点,发现另一组与细胞外基质相关的基因与癌症患者对免疫治疗的反应有直接关系。”

免疫疗法已成为一些癌症的流行治疗方法。它利用身体自身的免疫系统来攻击和杀死癌细胞。治疗是有效的,但仅限少数患者,约20%至30%的患者。对于为什么有些人对免疫疗法的反应比其他人更好,尚无明确的认识。

细胞外基质可能有一些答案;它在健康和癌细胞内和周围生长。

“我们发现与细胞外基质相关的基因在对免疫疗法无反应的患者中过度产生,”Bose说,他也是Ohlson研究计划的转化研究主任。 “这些基因是由肿瘤周围的细胞产生的,它们形成了一道屏障,可以帮助癌细胞逃避免疫系统的检测。”

UCalgary团队与多伦多大学的研究人员分享了这一发现,他们对这些研究结果进行了验证,现已发表在Nature Communications上。 “我当时想,哇,我是学生。直到博士博士指出这一发现在癌症治疗方面有多重要,我才意识到这是多么重要。它让我失望,但我非常兴奋与此同时,“该研究的共同第一作者汗说。

研究人员更深入地研究了他们的发现并发现了一个基因标记,这可能导致开发一个简单的测试,可以帮助确定哪些患者将从免疫疗法中受益。下一步将是在实验室中证明这些发现。

“分析大数据不会取代基准科学,但它可以成为假设建立的一个很好的工具,并带来新的见解,”Bose说。

对于汗来说,这种经历改变了她未来学习的方向。她总是计划攻读公共卫生硕士学位,现在看到未来的重点是数据分析而不是数据收集。

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